対象者ごとの年末調整での年調減税額の控除は住宅借入金等特別控除後の所得税額(年調所得税額)から、同控除後の所得税額を限度に行います。具体的には図のような流れになります。
まず、通常の例により年末調整を行って年調所得税額を算出します。そこから年調減税額を控除し、年調減税額を控除した後の金額に102・1%を乗じて復興特別所得税を含めた年調年税額を算出した上で、月次減税額の控除を行った後の実際に源泉徴収した税額と、年調年税額との間に生じる過不足額の精算を行います。
年末調整終了後に作成する「給与所得の源泉徴収票」には、その「(摘要)」欄に、実際に控除した年調減税額を「源泉徴収時所得税減税控除済額×××円」と記載します。
年調減税額のうち年調所得税額から控除しきれなかった金額を「控除外額×××円」(同金額がない場合は「控除外額0円」)と記載します。さらに合計所得金額が1000万円超である居住者の同一生計配偶者分を年調減税額の計算に含めた場合には、「非控除対象配偶者減税有」と記載します。年末調整の対象とならなかった給与所得者は、定額減税等について記載する必要はありません。
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